Elle possède un fonds important de manuscrits médiévaux et d'imprimés des XVe et XVIe siècles, en particulier la bibliothèque paroissiale de Saint-Georges (dont l'histoire commence en 1452 avec le don du recteur Johannes von Westhuss) et la bibliothèque personnelle de l'humaniste alsacien Beatus Rhenanus (1485-1547), inscrite en 2011 au Registre « Mémoire du monde » de l’UNESCO. Natif de Sélestat, Beatus Rhenanus est un ancien élève de l’école latine de Sélestat, réputée pour un apprentissage fondé sur de nouvelles méthodes pédagogiques, dont témoignent ses carnets d'écolier. À sa mort, en juillet 1547, Beatus Rhenanus lègue sa bibliothèque à sa ville natale. Elle est constituée de 423 volumes, contenant 1 287 œuvres et 41 manuscrits répartis dans divers recueils, auxquels il faut ajouter 33 manuscrits anciens et 255 lettres autographes. D’abord déposée dans la chancellerie municipale et rangée avec les archives de la ville, puis déménagée à la douane, la bibliothèque de Beatus Rhenanus rejoint finalement, en septembre 1757, les ouvrages de la bibliothèque paroissiale à l’église Saint-Georges. Cette remarquable collection atteste de sa soif de connaissances, de son activité de correcteur et d’éditeur pour les grands imprimeurs européens et de ses liens d’amitié avec les plus grands érudits de son temps, comme Érasme de Rotterdam. La variété des langues utilisées, des thèmes, des auteurs, des époques et des lieux de publication est le reflet de l’esprit universel caractéristique des humanistes.